Le microbiome désigne l’ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons, virus) qui vivent dans et sur le corps humain, en particulier dans l’intestin. Les recherches montrent qu’il influence la réponse de chaque individu aux traitements, ce qui ouvre la voie à des thérapies adaptées à chaque patient, notamment en cancérologie et pour les troubles digestifs.
Le rôle du microbiome dans la santé
Le microbiome intestinal, composé de milliards de micro-organismes, intervient dans la digestion, le fonctionnement du système immunitaire et, selon plusieurs travaux, la santé mentale. Sa composition, unique à chaque individu, peut modifier l’efficacité des médicaments. Certaines bactéries intestinales influencent par exemple la manière dont l’immunothérapie anticancéreuse agit dans l’organisme.
En France, une équipe de Gustave Roussy, de l’Inserm et de l’Inra a montré en 2018 dans la revue Science que la prise d’antibiotiques réduisait le bénéfice des immunothérapies anti-PD-1 chez des patients atteints de cancer avancé. Les patients qui répondaient au traitement avaient plus souvent dans leurs selles la bactérie Akkermansia muciniphila. Ces travaux visent à identifier des profils microbiens capables de prédire la réponse aux traitements, afin d’ajuster les thérapies.
Les initiatives de recherche
Plusieurs entreprises et institutions développent des outils pour intégrer l’analyse du microbiome à la médecine personnalisée. La société française Enterome, par exemple, développe des médicaments issus de la recherche sur le microbiome, contre le cancer et les maladies inflammatoires.
À l’échelle internationale, le Human Microbiome Project, lancé en 2007 par les National Institutes of Health (NIH) aux États-Unis, a permis de caractériser les microbiomes de centaines de volontaires sains. Une seconde phase, l’Integrative Human Microbiome Project, a débuté en 2014. Ces données servent aujourd’hui de référence aux chercheurs qui étudient le rôle du microbiome dans la santé et la maladie.
Les bénéfices attendus pour les patients
L’analyse du microbiome permettrait d’adapter les traitements aux caractéristiques de chaque patient pour en améliorer l’efficacité. Un patient dont le microbiome laisse prévoir une faible réponse à un médicament pourrait se voir proposer une autre thérapie, ou une modification de son alimentation destinée à agir sur sa flore intestinale.
Des traitements mieux ciblés pourraient aussi limiter les effets secondaires et éviter des thérapies inefficaces, ce qui améliorerait la qualité de vie des patients et réduirait les coûts pour le système de santé, en particulier dans les maladies chroniques.
Les obstacles à cette approche
Plusieurs obstacles freinent l’intégration du microbiome dans la médecine courante :
- La complexité des analyses : le microbiome varie d’une personne à l’autre et change sous l’effet de l’alimentation, du stress ou des antibiotiques, ce qui rend difficile la standardisation des tests à grande échelle.
- Le coût : le séquençage du microbiome, qui identifie les micro-organismes présents, demande des équipements spécialisés et des analyses bioinformatiques poussées, ce qui limite son accès dans de nombreux pays.
- La réglementation : dans l’Union européenne, les médicaments issus du microbiome sont évalués par l’Agence européenne des médicaments (EMA) et doivent démontrer leur sécurité et leur efficacité par des essais cliniques, un processus qui prend plusieurs années.
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